Selv om Linux er kjent for å ha sterke sikkerhetsmekanismer, noe som gjør det til et populært alternativ for bedriftsservere, er virkeligheten at ingen operativsystemer er helt trygge mot angrep fra skadelig programvare. Skadelig programvare er ofte utformet slik at menneskelig svikt er årsaken til sikkerhetsbruddet. Det kan skje via phishing, svake passord eller manglende oppdateringer av operativsystemer eller programvare.
Det positive for brukere av Linux er at sikkerhetsoppdateringer er regelmessige og generelt effektive, slik at systemene får den best tilgjengelige sikkerheten for operativsystemer.
En annen fordel er at Linux automatisk tildeler begrensede tilgangstillatelser. Det betyr at hvis hackere får tilgang til en brukerkonto, er det mindre sannsynlig at de vil klare å få tilgang til sikre data eller administratorkontroll.
Windows- og Mac-operativsystemer er mer utbredt enn Linux, men ondsinnede aktører vet at Linux blir mer og mer populært som operativsystem på bedriftsservere. Hvis hackere får tilgang til et Linux-system, er det derfor større sannsynlighet for at de kommer inn på en server enn et enkelt endepunkt. Det er altså viktig at bedrifter som bruker Linux ikke blir for selvsikre: de må bruke antivirusprogramvare for å redusere risikoen for angrep.